Впервые этнографический отдел в Крыму был создан при Центральном музее Тавриды 18 мая 1923 года. Его коллекции - это конфискованные после октября 1917 года художественные ценности из дворцов Южного берега Крыма. Этому способствовал приказ Крымской ЧК, который предписывал при конфискации имущества буржуазии все предметы искусства и культуры передавать в музей и хранилища Крымохриса, а его сотрудников допускать к осмотру хранилищ ЧК и выдавать им предметы для помещения в музей.

1 октября 1927 года за Центральным музеем Тавриды для размещения ряда его отделов, в том числе и экспозиции по этнографии, было закреплено здание бывшего приюта графини Адлерберг по ул. Пушкинской. В 20-е годы были организованы экспедиции по изучению быта и культуры национальных районов: татарских, болгарских, греческих колхозов, крымчакских и еврейских промыслов, фольклора.
В 30-е годы деятельность музеев стала носить ярко выраженный политический характер. Основной задачей стал показ социалистического строительства, борьба с религией. Сбор новых материалов по культурам народов практически не осуществлялся. В музее стационарно размещалась экспозиция только по культуре крымских татар.
Радикально изменила этнографическую картину в Крыму и музее Великая Отечественная война 1941-1945 гг. Большой урон культурному наследию нанесла депортация народов Крыма.
В соответствии с программой возвращения в Крым депортированных народов, Управление культуры Крымского облисполкома в декабре1992 г. издало приказ о создании в Крыму этнографического музея на правах Филиала Крымского краеведческого музея. В многонациональном Крыму - это, с одной стороны, общий музей, с показом традиционных культур, характерных для полуострова: восточных славян (русских, украинцев и белорусов) и крымских татар, караимов и крымчаков, армян и греков, немцев и евреев, чехов и эстонцев, болгар и итальянцев, цыган и молдаван, поляков и венгров. Перед музеем в настоящее время стоит задача не только собрать, отработать и сохранить материал, но и изучить его, создать банк данных, включив и этнографические коллекции музеев Крыма, отведя должное место пропаганде и популяризации народной культуры. С другой стороны - это музеи по народам в исторических и культурных центрах по Крыму, несущие на себе функции музеев под открытым небом. Сотрудники музея проводят активную собирательскую, выставочную и научно-исследовательскую работу.
За период с 1993 по 1999 годы в ходе собирательской работы было найдено и закуплено около 4 тысяч экспонатов, характеризующих традиционную бытовую культуру этносов и этнических групп Крыма.
На базе Крымского этнографического музея создана Крымская ассоциация этнологов, зарегистрированная при Международной ассоциации этнологов. Сотрудниками разработана концепция музея и его расширенная тематическая структура, решены основные проблемы художественного оформления основной экспозиции " Мозаика культур Крыма", торжественное открытие которой состоялось в апреле 1999 года. Вниманию посетителей предлагаются экспозиционные комплексы, рассказывающие о материальной культуре, обычаях и обрядах, традициях и праздниках 13 этносов и этнических групп полуострова. Представленные экспонаты на 80% подарены музею жителями Крыма.